Samočistilni sistem se nanaša na sistem, ki ima določeno stopnjo samočistilne in absorpcijske sposobnosti za onesnaževala okolja. Je agroekološki kompleks, v katerem se onesnaževala okolja samoočistijo ob predpostavki, da ne presegajo okoljske zmogljivosti s fizikalnimi, kemičnimi in biološkimi učinki kmetijskih tal, rastlin in mikroorganizmov.
