Proteomics se osredotoča na dinamični opis genske regulacije, kvantitativno določanje ravni proteinov v genski ekspresiji, prepoznavanje učinkov bolezni in zdravil na življenjske procese ter razlago mehanizma regulacije genske ekspresije. Kot znanost raziskave proteomike niso od nič. Na začetku gre za razširitev profila beljakovin (peptidov) in tehnologije kartiranja genskih izdelkov, ki se uporablja že več kot 20 let. Kartiranje peptidov temelji na dvodimenzionalni gelski elektroforezi (2-DE) in nadaljnji analizi slike; in gen Profil izdelka je odvisen od različnih analiz po ločitvi, kot so masna spektrometrija, analiza sestave aminokislin itd.
Zaradi obstoja spremenljivega urejanja in urejanja RNA lahko številni geni izražajo različne beljakovine. Zato je kompleksnost proteoma veliko večja kot kompleksnost genoma.
Če je bilo dešifrirano celotno zaporedje genoma vrste, to ne pomeni, da je bil dešifriran tudi proteom te vrste. Konkretno analizo beljakovinskega produkta gena je treba določiti s celovitim spreminjanjem in uravnavanjem ravni genoma, ravni transkripcije in ravni translacije.