Od leta 2013 ni jasne klasifikacije gensko spremenjenih živil, različne klasifikacije pa se lahko razvrstijo po različnih standardih v skladu s prakso.
Glede na to, ali gensko spremenjena hrana vsebuje gensko spremenjen vir kot standard, se lahko razdeli na naslednje tri različne vrste:
(1) Gensko spremenjena živila, ki ne vsebujejo gensko spremenjenih živil, se nanašajo na živila, ki izhajajo iz gensko spremenjenih organizmov, vendar sami izdelki ne vsebujejo prenesenih genov.
(2) Gensko spremenjena živila vsebujejo gensko spremenjene sestavine, vendar so se njihove značilnosti med predelavo spremenile, preneseni aktivni geni pa v gensko spremenjenih živilih ne obstajajo več.
(3) Gensko spremenjena živila vsebujejo aktivne genetske sestavine. Po tem, ko ljudje jedo takšne gensko spremenjene organizme ali hrano, bodo preneseni geni in neločljiva gena organizmov vplivali na človeško telo.